西暦1003年（長保5年）4月8日、橘行平卿により開基。寺伝によれば、御本尊は、長徳3年（997年）橘行平卿が勅命を受け因幡の国一の宮へ代参された時、夢のお告げによって海中より引き上げられた薬師如来で有るといわれています。因幡堂縁起によりますと、これを仮堂に安置したが、行平卿のあとを追い都に飛来され行平邸に入られたので、これを、祀ったのが当寺の起こりです。

因幡堂（京都市下京区因幡堂町・平等寺）は浄瑠璃の発祥の地ともいわれており、室町時代から猿楽が奉納上演されてきました。江戸時代には因幡堂芝居と呼ばれる歌舞伎も上演されてきました。また、「因幡堂」「鬼瓦」「仏師」「六地蔵」「金津（金津地蔵）」といった狂言の曲目の舞台でもあり、因幡堂と狂言の浅からぬ関係はよく知られています。しかし、明治時代初期に狂言が上演されたのを最後に、演劇、芸能などの奉納は途絶えてしまいました。因幡堂の芸能文化との関りは記録には多く残されておりますが、因幡堂で行われる行事としては長らく消滅したままでした。

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