西暦1003年（長保5年）4月8日、橘行平卿により開基。寺伝によれば、御本尊は、長徳3年（997年）橘行平卿が勅命を受け因幡の国一の宮へ代参された時、夢のお告げによって海中より引き上げられた薬師如来で有るといわれています。因幡堂縁起によりますと、これを仮堂に安置したが、行平卿のあとを追い都に飛来され行平邸に入られたので、これを、祀ったのが当寺の起こりです。
承安元年1171年、高倉天皇より「平等寺」の勅額を賜り平等寺となる。この後、町堂として京の町衆に親しまれ、1000年間この地で法灯を伝えて参りました。一遍聖人も都布教の起点とされ、京の町衆へその教えを説かれ、猿楽興行も行われ、また浄瑠璃発祥の地ともいわれております。江戸時代には、北側芝居・南側芝居に次いで歌舞伎興行も行われていました。出店も並び町衆の楽しみをささえたお寺でした。
しかし、明治維新のおりに衰微し、堂宇も灰燼に帰し、かろうじて子院を本堂としその法灯を伝えておりましたが、京都の皆様のお力添えで、明治19年に本堂を復興、再び元の位置にご本尊を安置し町堂としての活動を再開いたしました。毎月8日・12日のご縁日には夜店も並び賑やかだったそうです。この当時のことを知る人に聞きますと、道の両側にランプの灯りがゆれ、その油の香りが漂いそれは、綺麗だったと話しておられます。ところが、第2次世界大戦の影響で、夜店もなくなりました。戦後は、町衆の方とのつながりも薄れ、当寺は衰微して行き、お寺を閉ざす時代が続きました。
昭和54年、再びお寺を開け、御信者の方の参拝を受けるようになりました。平成に入ってからは、檀家さんとのお付き合いも始め、徐々に復興してきました。2001年4月からは毎月8日にお寺の境内で、因幡薬師てづくり市も開催し、皆様のお力添えで、かっての町堂を目指しております。
